FEAAV se rige por unos Estatutos que son actualizados periódicamente en las Asambleas Generales ordinarias y extraordinarias, y "está constituida sobre la base del más escrupuloso respeto por la autonomía, naturaleza y características de sus miembros", según rezan textualmente dichos Estatutos. Es una agrupación independiente que reune a Asociaciones Empresariales, tiene ámbito nacional, personalidad jurídica propia, duración ilimitada y autonomía económico-administrativa. Los Organos de Gobierno:

• Asamblea General
• Consejo Directivo
• Congreso Anual

El órgano supremo y soberano de la Federación es la Asamblea General, integrada por los representantes de las Asociaciones miembros de pleno derecho de la Federación. Esta Asamblea se reune como mínimo dos veces al año. En la actualidad, desde mayo de 1990, está presidida por Jesús Martínez Millán.

El Consejo Directivo, que por delegación de la Asamblea y con caráter ordinario, es el órgano superior de la Federación

Con carácter de deliberante y consultivo de los Organos de Gobierno se establecen:

• Congreso de la Federación
• Pasado Presidente
• Comités Ejecutivos